Веб-клиент Threema совместим с браузерами на основе Chromium (Google Chrome, Opera и др.), а также с Mozilla Firefox. Мгновенное соединение браузера и мобильного устройства происходит путем сканирования QR-кода. После этого все чаты становятся полностью доступны на компьютере пользователя. Интерфейс десктоп-версии Threema идентичен мобильной версии. Отправка и получение сообщений происходит так же, как и на мобильном устройстве, а изображения и файлы можно перетащить непосредственно в окно чата для их отправки.
В настоящее время веб-клиент Threema доступен для Android-версии Threema. Поддержка для других платформ будет добавлена в ближайшее время.
Безопасный мессенджер Threema является одним из самых защищенных сервисов, поскольку выполняет сквозное шифрование всех данных, которыми обменивается пользователь, будь то сообщения, групповые чаты, файлы мультимедиа и даже «статусы». Threema использует для шифрования надежную криптографическую библиотеку NaCl с открытым исходным кодом. Ключи шифрования генерируются и хранятся в защищенных папках на устройствах пользователей, что исключает возможность тайного доступа к данным или их копирования. Кроме того, для пользования приложением не нужен номер телефона или адрес электронной почты. Эта уникальная особенность позволяет пользоваться Threema совершенно анонимно.